Das Verzeichnis /usr dient der Speicherung der Hauptprogramme. Die Dateien aus diesem Teilbaum dürfen weder für den Systemstart noch für die Administration vonnöten sein, da /usr häufig als eigenes Dateisystem realisiert wird. Wegen seiner Größe hat es seine eigene Hierarchiestruktur. Hier sind nur einige Unterverzeichnisse aufgezählt:
/usr/X11R6: Die komplette X Window System-Hierarchie. Alle Programme, die für den X-Betrieb benötigt werden (logischerweise also auch die X-Server selbst), sowie die notwendigen Bibliotheken befinden sich hier. Im Unterordner /usr/X11R6/lib/X11 befinden sich die Teile der X-Konfiguration, die rechnerunabhängig sind, also gemeinsam genutzt werden können. Die rechnerabhängigen befinden sich in /etc/X11.
/usr/bin: Dieser Ordner enthält den Hauptanteil der Programme Ihrer Linux-Distribution. Alle Programme, die weder für Wartungs- noch für Administrations-Zwecke benötigt werden, befinden sich hier. Einzige Ausnahme hiervon bilden die von Ihnen selbst installierten Programme. Diese sollten Sie unter /usr/local ablegen.
/usr/lib: In diesem Verzeichnis befinden sich die Bibliotheken, die für das Ausführen der Programme in /usr/bin sowie /usr/sbin benötigt werden. Hier wurde auch der symbolische Verweis /usr/lib/X11, der auf das Verzeichnis /usr/X11R6/lib zeigt, angelegt. Dieses enthält die X Window System-Bibliotheken (natürlich nur, wenn Sie das X Window System installiert haben).
/usr/local: In diesem Teilbaum sollten Sie alle Anwendungen ablegen, die sie selbst installieren. DrakX hat alle notwendigen Unterordner angelegt: lib/, man/, usw.
/usr/share: Dieses Verzeichnis enthält alle Daten, die von den Applikationen in /usr benötigt werden, sowie alle rechnerunabhängigen Daten. Sie können hier unter anderem Informationen über die weltweiten Zeitzonen, sowie Anpassungen an unterschiedliche Länder (zoneinfo und locale) finden.
Momentan gibt es auch noch die Verzeichnisse /usr/doc und /usr/man, welche Dokumentationen zu einzelnen Programmen, bzw. Handbuchauszüge des Systems (manual pages) enthalten. Da der Standard empfiehlt, diese nach /usr/share zu verschieben, kann dies in einer nächsten Versionen von Linux-Mandrake passiert sein.