Die Verzeichnisbaumwurzel enthält das gesamte hierarchisch aufgebaute System. Sie kann nicht klassifiziert werden, da sie sowohl gemeinsam nutzbare als auch rechnerspezifische, statische sowie variable Unterverzeichnisse enthält. Hier eine Liste der Haupt- und Unterverzeichnisse:
/bin: Essentielle Programme. Dieses Verzeichnis enthält grundlegende Programme, die von allen Anwendern verwendet werden. Sie sind notwendig für die Verwendbarkeit des Betriebssystems: ls, cp, login, etc. Statisch, rechnerspezifisch.
/boot: enthält die Dateien, die vom Linux Boot-Manager (LILO auf Intel-Rechnern; SILO auf Sparc) benötigt werden. Es kann auch den Betriebssystem-Kern (kernel) enthalten, muss aber nicht. Befindet sich der Kern nicht hier, muss er in der Verzeichnisbaumwurzel liegen. Statisch, rechnerspezifisch.
/dev: Verzeichnis der (Peripherie-) Geräte des Systems (dev für DEVices, engl. für ,,Geräte``). Statisch, rechnerspezifisch.
/etc: Dieses Verzeichnis enthält alle rechnerspezifischen Konfigurationsdateien, logischerweise also statisch, rechnerspezifisch.
/home: Dieser Ordner beinhaltet die persönlichen Verzeichnisse der Anwender (jedes Benutzer-Kennzeichen besitzt sein eigenes Heimverzeichnis). Er kann – muss aber nicht – von mehreren Rechnern gemeinsam genutzt werden. In großen Netzwerken wird er häufig über NFS (Network File System, engl. für ,,Netzwerk-Dateisystem``) geteilt. Offensichtlich ist er außerdem variabel.
/lib: Dieses Verzeichnis enthält die Bibliotheken, gegen die die elementaren Programme aus /bin und /sbin gebunden sind. Im Unterverzeichnis /lib/modules sind die vom Kern benötigten Module abgelegt. Auch ld.so, der Linker (engl. für ,,Zusammenbinder``) muss hier zu finden sein. Statisch, rechnerspezifisch.
/mnt: Dieser Ordner enthält Verzeichnisse, an deren Stelle andere Dateisysteme, etwa Disketten, eingehängt werden können.
/opt: Dieses Verzeichnis enthält Pakete, ohne die das System immer noch lauffähig ist. Empfohlen wird, dass statische Dateien (Programme, Bibliotheken, Dokumentationen, etc.) in /opt/name_des_pakets abgelegt werden. Die dazugehörigen Konfigurationsdateien sollten in /etc/opt gespeichert werden.
/root: Persönliches Verzeichnis des ,,Allmächtigen``. Variabel, rechnerspezifisch.
/usr: Siehe nächsten Abschnitt. Statisch, gemeinsam nutzbar.
/sbin: In diesem Verzeichnis befinden sich die Applikationen für den Systemstart, die nur vom privilegierten Benutzer-Kennzeichen root ausgeführt werden können. Andere Anwender können sie zwar ebenfalls starten, häufig jedoch ohne große Auswirkungen. Statisch, rechnerspezifisch.
/tmp: Dieses Verzeichnis ist gedacht als Ablageplatz temporärer Dateien, wie sie etwa von einigen Programmen erzeugt werden.
/var: In diesem Ordner werden Dateien abgelegt, die häufig im laufenden Betrieb von Programmen geändert werden (etwa durch den E-Mail- oder den Drucker-Server). Alle Dateien in /var sind variabel, die verschiedenen Unterordner sind teils gemeinsam nutzbar, teils rechnerspezifisch.